Già a partire dalla fine del VI sec. a.C. divenne luogo di negoziazioni mercantili che si svolgevano per via navale, attraverso il sistema lagunare e i corsi d'acqua, dagli empori di Adria e di Spina verso nord. Verso la fine dell'età repubblicana Altino diventò "municipium romano". Questo fu certamente il periodo aureo della città e le vestigia conservate al Museo Archeologico ne sono una testimonianza: è il periodo in cui furono edificati ville, templi, edifici pubblici e monumenti. A partire dal II sec. d.C. i traffici e i commerci si ridussero dando inizio ad un inarrestabile processo di decadenza economica e culturale di tutto il territorio lagunare e della città di Altino.

Pur mancando dei reperti che possano testimoniare la primitiva diffusione del cristianesimo è probabile che questa religione abbia raggiunto Altino nel II secolo d.C., dopo l'editto di Costantino divenne uno dei maggiori centri cristiani; fu sede vescovile e il primo vescovo, Sant'Eliodoro, resse la diocesi sino al 407. La città si arricchì di chiese e monasteri.

Nel 452 d.C. subì l’invasione degli Unni e la distruzione da parte di Attila, che invase i territori veneti. Gli abitanti per paura delle invasioni barbariche si spostarono sulle isole della laguna veneta, parte degli edifici furono smantellati e le pietre con cui erano stati costruiti furono portate a Venezia per essere riutilizzate. E’ solo nel VII sec. d.C. che Altino venne definitivamente abbandonata dai suoi abitanti, gli ultimi residenti si trasferirono a Torcello creando i presupposti per la nascita di Venezia. Centri come Burano, Murano, Torcello, Mazzorbo e la stessa Venezia furono fondati proprio dai profughi di Altino, Oderzo e Aquileia. Tracce concrete della storia di Altino sono visibile sul campanile di San Vidal nel Sestriere San Marco: una incisione romana ricorda Altino come luogo d’origine del materiale con cui è stato costruito. Le tradizioni popolari raccontano invece che i nomi delle isole Torcello, Murano e Burano derivano da Torricellum, Ammurianum e Porta Boreane, tutti quartieri in origine di Altino.
Anche le principali istituzioni si trasferirono altrove: la diocesi, ad esempio, fu spostata nel 647 a Torcello e in seguito anche i frati del monastero di Santo Stefano si trasferirono presso i benedettini dell'isola di San Servolo.

Tra il X e l'XI secolo la zona fu completamente abbandonata e i territori bonificati furono nuovamente occupati dalle paludi. Bisognerà aspettare il XV secolo per apprezzare un popolamento stabile presso l'attuale Quarto d'Altino, mentre il risanamento e la colonizzazione degli immediati dintorni di Altino avvenne solo a partire dall'Ottocento attorno alle proprietà dei conti Bacchini eredi dei Reali. Non si trattava di un centro ben compatto e gli abitanti vivevano in case sparse. Nel Museo Archeologico di Altino si trovano principalmente oggetti recuperati dai corredi tombali come urne, vasi, anche di vetro, suppellettili ecc. e vari tipi di monumenti funerari. Il museo fu costruito nel 1960 su progetto dell'arch. Ferdinando Forlati. Per portare alla luce l’antica città sarà varato un apposito progetto e stipulata una convenzione tra il Dipartimento di geografia padano, l’Università di Venezia e la Soprintendenza ai beni archeologici e l’Osservatorio geofisico di Trieste.

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